Quando nel 1542 l’Inquisizione romana inizia il suo corso: l’Italia imita la Spagna paese dove il meccanismo inquisitorio contro ebrei e musulmani riceve il benestare del Papa sul finire del XV secolo. L’Italia inizia in questo modo l’epoca dell’Inquisizione moderna con l’obiettivo di mettere fine ai processi sommari ma anche con quello opposto di un maggiore controllo nei riguardi di ogni comportamento sociale ritenuto sospetto. Ogni tribunale locale agirà sotto la giurisprudenza del Santo Uffizio.Negli archivi di Venezia, Siena, Napoli e Modena si trova la più cospicua documentazione riguardante l’attività dell’Inquisizione. 

L’archivio di Modena consta di 303 documenti che coprono un arco che va dal 1329 al 1785 anno nel quale l’Inquisizione verrà abolita dal duca Ercole III. Tra questi documenti si distinguono tre gruppi importanti: le lettere provenienti dalla Santa Inquisizione di Roma; una sezione di editti cittadini; i fascicoli processuali che raccontano le storie di oltre 6000 inquisiti. L’archivio di Modena si configura dunque come un unicum tra gli archivi che non siano vaticani.
Anche se la documentazione resta cospicua si deve considerare che molti documenti andarono distrutti. 

Dalla documentazione rimasta possiamo dedurre che i processi per stregoneria riguardavano soprattutto le donne. I verbali riportavano due lingue: le domande dell’Inquisitore in latino e le risposte dell’inquisito in volgare. Questi verbali offrono un’apertura straordinaria sulla realtà quotidiana e sulle consuetudini dell’epoca in cui sono stati scritti e si sono svolti i processi. Sin dal Medioevo la persecuzione degli eretici era stata affidata dal papato agli ordini mendicanti francescani e domenicani. A Modena la sede dell’Inquisizione è attestata sin dal 1289 presso il convento di San Domenico. Dal 1542 la sede centrale della Congregazione del Santo Uffizio sarà il convento domenicano della Chiesa di Santa Maria sopra Minerva a Roma.

Sviluppatosi progressivamente nel corso del XIV secolo, il convento divenne, nel corso dell'età moderna, la sede delle alte gerarchie dell'ordine domenicano (maestro generale, procuratore) e ospitò la Congregazione del Santo Uffizio. Vi ebbero luogo due conclavi e l'abiura di Galileo. Nel convento di San Domenico a Modena risiedevano invece tutte le gerarchie dell’Inquisizione locale: dai grandi inquisitori ai maestri di teologia. Il mercoledì venivano discussi i casi di eresia dagli inquisitori locali. Questi dovevano dimostrare una certa esperienza e anche per questo non potevano avere meno di quarant’anni; la sede di Roma dava loro disposizione precise su come procedere.