MUSEO DI PALENTOLOGIA. Il Museo possiede importanti collezioni storiche, raccolte a partire dalla seconda metà dell'Ottocento e costituite da decine di migliaia di fossili di invertebrati (molluschi, echinodermi, artropodi, ecc.), vertebrati (tra i quali dinosauri e rettili marini) e vegetali. Purtroppo a causa del sisma il materiale è stato ora spostato.

MUSEO ASTRONOMICO E GEOFISICO. Il museo ha una storia accademica molto antica, infatti venne fondato nel 1826 dal Duca Francesco IV d'Este. Il Museo Astronomico e Geofisico ben si raccorda con le attività di ricerca dell'Osservatorio Geofisico, per esempio la serie storica di dati meteorogici costituisce una delle più lunghe d'Italia e le misure proseguono a tutt'oggi con un sistema di acquisizione dati automatico, che contengono sul clima di Modena e sugli effetti locali di mutamenti climatici a grande scala.