Dal 14 Dicembre 2018 riapre l'intero percorso di visita con alcune radicali innovazioni. A partire dalla nuova sala interamente dedicata all'esposizione di importanti opere antiche etrusche, greche, romane e, per la prima volta dopo approfonditi restauri, egizie, fra le quali figura un interessante sarcofago. Le novità continuano con la sala della cultura cortese che mette l'accento sul respiro globale della corte estense, quali avori, smalti e manoscritti europei. Inoltre, l'intero museo si è dotato di un nuovo impianto illuminotecnico di ultima generazione e diverse sale offrono al visitatore una prospettiva completamente rinnovata.