Il Teatro Anatomico fu realizzato a fine Settecento con il coordinamento di Antonio Scarpa, cui fu affidato l’insegnamento di anatomia e chirurgia dopo la riforma dell’Università attuata dal duca Francesco III d’Este. Il teatro è completamente realizzato in legno policromo, dalle sedute sino alla balaustra del ballatoio, con una zona centrale nella quale si conducevano le dissezioni dei cadaveri per le lezioni di Anatomia. Venne inaugurato nel gennaio  1775 con un discorso in latino di Antonio Scarpa che nel dicembre dello stesso anno vi aprì l’anno accademico con una lezione  di ostetricia a seguito della quale anche a Modena fu aperta la scuola di ostetricia, una delle prime in Italia.